キャラ弁は、普通のお弁当よりも、目や口を貼り付けたり手の形を作ったりと、食品に触る回数が比較的多くなる。
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食材は、いじくればいじくるほど、雑菌が付着し、腐敗する要素が増える。
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スライスチーズを素手で切ることについて「不衛生」
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ご飯が完全に冷めないと、チーズが温もってしまって腐敗が進む。
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チーズは冷めてからのせるのが基本。温かいうちにやるとチーズが溶け、夏はとくに傷みやすく危険だ。
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ハムや蒲鉾などの加工品は「要冷蔵庫」なので、常温で数時間で痛む。キャラ弁には重宝する食材だが、腹痛を起こす可能性が…。
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また、ハムなどの加工品を、加熱なしでキャラ弁などでそのまま使っているのを見かけるが、これも結構危ないんだとか。入れるときは、必ず1度加熱しましょう！
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キャラ弁禁止の幼稚園・保育園が徐々に増えてきてます。
子供同士のいじめに発展する恐れや、キャラ弁に対して過熱する親 。
また栄養面、衛生面などの事。
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元幼稚園教諭の知人によれば、「キャラ弁は一人が自慢しはじめると、他の子も自分も自分も！って見せ合いになって、キャラ弁ではない子が仲間はずれにされてしまうこともありますね。あと、少し崩れてしまったキャラ弁を持つ子を、そのキャラクターのセリフで悪評価する子もいるし、望んでいないアダ名を付けられてしまうことも。崩れたキャラ弁を見られたくないせいか、お弁当を忘れたなんてウソをつく子もいたり、どのキャラがカッコイイかと言い争いにも発展しやすい気がします」
との分析。
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キャラ弁をとてもキレイに作っている方たちのブログをのぞいてみると、「製作時間90分！」とか「この顔部分で40分もかかりました」など、その苦労がかいま見えることも。もちろん自分の仕事もこなしつつ、忙しい時間を割いてつくり上げるキャラ弁は、ユニークでかわいくて素晴らしい作品だ。

ただキャラ弁の場合、普通のお弁当よりも、目や口を貼り付けたり手の形を作ったりと、食品に触る回数が比較的多くなる。もちろん食品用のビニール手袋などを使って注意していれば食中毒などのリスクを軽減することはできるだろうが、確かにちょっと心配かも……？　
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「衛生面を考えたらキャラ弁はちょっと……」との意見がある一方で、短時間でできるように工夫したり、ラップを使ったりしながらキャラ弁を作っているという人もいるみたい。
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加えて、ご飯を詰める前に、キッチンペーパーにお酢を含ませ、お弁当箱と蓋をしっかり拭くようにすると良い（匂いは残りません）。
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野菜はしっかり洗って水気を拭き取る、おかずはお弁当箱に詰める前に再加熱し、ご飯ともども冷ましてから詰めるなど、注意が必要。
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